肺真菌症（肺アスペルギルス症など）・結核・非結核性抗酸菌床などがあります。

肺の中に感染を起こし、薬物治療でも治療困難な場合、特に喀血など自覚症状がある場合に外科手術となることがあります。

肺表面から胸郭は連続した1枚の膜(胸膜)になっており、その中を胸腔といいます。胸腔に炎症が起こると、胸腔に胸水が溜まることがあります（胸膜炎）。感染が悪化し細菌や真菌等が感染した場合には膿になることもあります（膿胸）。

発熱・大量の水や膿が溜まった場合には、胸にチューブを入れて貯留した液体を体外に出す治療を行います(ドレナージ)。改善しない場合には、胸腔鏡を使って胸の中の膿を掻き出し洗浄する手術（胸腔内掻把術）を行い抗生物質で治療していきます。

稀ですが特に重篤で致死率が高く、歯周病・齲歯・咽頭膿瘍・頚部外傷などに伴う膿瘍が縦隔へ至る炎症性疾患です。頸部だけでなく縦隔深くにまで炎症が達すると耳鼻咽喉科と協力して膿瘍の切開排膿手術を緊急で行います。